学好了啊师弟师妹！看我三步搞定~

第一部分：基本桑基图

本文以创建一个有 10 个节点的桑基图为例。随机创建一个输入数据框，包含节点的数量和边的值，利用函数 sankeyNetwork() 来画桑基图。所使用的代码如下：

library(networkD3)

## create a dataframe with 10 nodes

nodes = data.frame("name" = c("Node_0", "Node_1", "Node_2", "Node_3", "Node_4", "Node_5",

                              "Node_6", "Node_7", "Node_8", "Node_9"))

## create edges with weights

links = as.data.frame(matrix(c(0, 5, 2, # node 0 -> node 5 with weight 2

                               0, 6, 1, # node 0 -> node 6 with weight 1

                               1, 7, 3, # node 1 -> node 7 with weight 3

                               2, 8, 2, # node 2 -> node 8 with weight 2

                               2, 9, 3, # node 2 -> node 9 with weight 3

                               3, 5, 1, # node 3 -> node 5 with weight 1

                               3, 9, 5, # node 3 -> node 9 with weight 5

                               4, 9, 2  # node 4 -> node 9 with weight 2

                               ), byrow = TRUE, ncol = 3))

## set column names for links

names(links) = c("source", "target", "value")

## Draw Sankey Diagram

p = sankeyNetwork(Links = links, Nodes = nodes,

 Source = "source", Target = "target",

 Value = "value", NodeID = "name",

 fontSize = 16, nodeWidth = 40)

p

代码输出图如下所示：

    在此图中，节点颜色为sankeyNetwork() 函数自动设置。

第二部分：自定义节点颜色

    现在，让k8com官网看看如何设置自定义节点颜色。为此，k8com官网将使用 d3.scaleOrdinal() 创建自定义颜色列表。所使用代码如下：

library(networkD3)

## create a dataframe with 10 nodes

nodes = data.frame("name" = c("Node_0", "Node_1", "Node_2", "Node_3", "Node_4", "Node_5",

                              "Node_6", "Node_7", "Node_8", "Node_9"))

## create edges with weights

links = as.data.frame(matrix(c(0, 5, 2, # node 0 -> node 5 with weight 2

                               0, 6, 1, # node 0 -> node 6 with weight 1

                               1, 7, 3, # node 1 -> node 7 with weight 3

                               2, 8, 2, # node 2 -> node 8 with weight 2

                               2, 9, 3, # node 2 -> node 9 with weight 3

                               3, 5, 1, # node 3 -> node 5 with weight 1

                               3, 9, 5, # node 3 -> node 9 with weight 5

                               4, 9, 2  # node 4 -> node 9 with weight 2

                               ), byrow = TRUE, ncol = 3))

## set column names for links

names(links) = c("source", "target", "value")

## Create custom color list using d3 for each node

node_color <- 'd3.scaleOrdinal() .domain(["Node_0", "Node_1", "Node_2", "Node_3", "Node_4",

"Node_5", "Node_6", "Node_7", "Node_8", "Node_9"]) .range(["red", "blue", "orange" ,

"yellow", "cyan", "green", "magenta", "dodgerblue", "pink", "black"])'

## Draw Sankey Diagram

p = sankeyNetwork(Links = links, Nodes = nodes,

 Source = "source", Target = "target",

 Value = "value", NodeID = "name",

 fontSize = 16, nodeWidth = 40,

 colourScale = node_color)

p

代码输出图如下所示：

    这样可以根据自己的需求进行节点颜色自定义，下面k8com官网将学习如何同时为节点和边自定义颜色。

第三部分：自定义节点和边颜色

    要为边设置自定义颜色，k8com官网需要在链接数据框中添加一个名为“group”的列。在此列中，k8com官网可以为每个单独的边设置类型名称。最后，k8com官网可以将这些类型合并到k8com官网的 d3.scaleOrdinal() 函数的颜色列表和 sankeyNetwork() 函数中；同时，k8com官网需要设置 LinkGroup = “group”。

所使用代码如下：

library(networkD3)

## create a dataframe with 10 nodes

nodes = data.frame("name" = c("Node_0", "Node_1", "Node_2", "Node_3", "Node_4", "Node_5",

                              "Node_6", "Node_7", "Node_8", "Node_9"))

## create edges with weights

links = as.data.frame(matrix(c(0, 5, 2, # node 0 -> node 5 with weight 2

                               0, 6, 1, # node 0 -> node 6 with weight 1

                               1, 7, 3, # node 1 -> node 7 with weight 3

                               2, 8, 2, # node 2 -> node 8 with weight 2

                               2, 9, 3, # node 2 -> node 9 with weight 3

                               3, 5, 1, # node 3 -> node 5 with weight 1

                               3, 9, 5, # node 3 -> node 9 with weight 5

                               4, 9, 2  # node 4 -> node 9 with weight 2

                               ), byrow = TRUE, ncol = 3))

## set column names for links

names(links) = c("source", "target", "value")

## add edge types for coloring purpose

links$group = c("type_0",

                "type_0",

                "type_1",

                "type_2",

                "type_2",

                "type_3",

                "type_3",

                "type_4")

## Create custom color list using d3 for each node

node_color <- 'd3.scaleOrdinal() .domain(["Node_0", "Node_1", "Node_2", "Node_3", "Node_4",

"Node_5", "Node_6", "Node_7", "Node_8", "Node_9", "type_0", "type_1", "type_2",

"type_3", "type_4"]) .range(["red", "blue", "orange" , "yellow", "cyan", "green", "magenta",

"dodgerblue", "pink", "black", "red", "blue", "orange" , "yellow", "cyan"])'

## Draw Sankey Diagram

p = sankeyNetwork(Links = links, Nodes = nodes,

 Source = "source", Target = "target",

 Value = "value", NodeID = "name",

 fontSize = 16, nodeWidth = 40,

 colourScale = node_color,

 LinkGroup="group")

P

代码输出图如下所示：

最后，保存桑基图。通常k8com官网保存为PDF文件，Rstudio 输出为PDF格式即可。如果需要保存为 HTML 文件，需要添加一个名为“htmlwidgets”的R包。请看下面的代码：

# save the widget

library(htmlwidgets)

saveWidget(p, file=paste0( getwd(), "/plots/sankeyDiagram.html"))

基础和进阶版的桑基图就完成啦，小伙伴学会了吗？