我本人并没有对miRNA有太多成见，但是近两年的形式告诉我，需要让我在冷静下来之后静静的梳理几个研究套路来适应老师们的研究需求。且不说ceRNA的研究思路确实非常经典，创新性很一般，但是下来的花销也不少啊，如果不是自己去做的，一个RIP小万把，一个RNA pull down万把块，加上标配双荧光素酶，一条ceRNA轴下来又大几千的，并且这只是核心机制实验，加上功能验证、补救实验，预算真不少！功能研究是诸多实验室擅长的工作，但是机制部分，是以较为抽象的分子生物学技术支撑的，因此我这边重点说明机制部分的创新。

如何用相近的预算解决创新性问题呢？第一时间以大多数研究人员都熟悉的ceRNA机制切入，看下怎么增强机制部分研究的新颖性。

第一时间ceRNA机制，简单来说，是二者竞争性结合miRNA，这种竞争性结合的本质是一种内源性调节的稳态，而这种稳态的破坏会在疾病过程中失调，从竞争性结合角色的角度，可以形成竞争性结合的，围绕生物大分子选角，可以是蛋白，可以是DNA核酸，也可以是已经有大把研究的非编码RNA，既然非编码RNA竞争性结合已经做烂，可以考虑下蛋白，或者DNA呀？ceRNA机制的核心蛋白AGO2是RNA结合蛋白，而蛋白与RNA的结合，可以顺利获得大量现有的CLIP-seq数据库获取（RNA结合蛋白），而非编码RNA之间的结合，又是长期以来较为熟悉的预测手段。DNA与非编码RNA的结合，现在可用的公共数据较少，但是有相应的技术支撑，比如Chirp技术、dcas9-Chip seq技术、Loop-seq技术，这些技术以及预测手段，可以允许k8com官网高通量获取蛋白-RNA及DNA-RNA结合位点，以及RNA-RNA结合位点信息，而后顺利获得甚至Excel工具即可完成结合位点的覆盖竞争景观。再往后，实验设计也就顺理成章了[1]！

其次，ceRNA机制，二者竞争对象是miRNA，除了miRNA，还会有其他角色么？有的，我以故事性的说辞来说下。以非编码RNA中较为乖巧的LncRNA为例，LncRNA的乖巧在于实验设计技术难度上，但是内源性的LncRNA却很没出息，不仅与mRNA竞争miRNA，还竞争蛋白。依然是基于大量现有的CLIP-seq数据库预测，会发现很多蛋白的结合喜好的位点是基于核酸一级序列的，这些基序可能同时存在于LncRNA和mRNA中，这时候没出息的LncRNA也会和mRNA争抢这些具有RNA调节作用的RNA结合蛋白，当然，如果这些RNA结合蛋白的作用是坑害mRNA的，那么这时候LncRNA调节mRNA的作用可能就是另外一个剧情了[2]。

最后，很多老师手里现在都会有些AP-MS的质谱数据，拿这些数据如何玩转下游分子互作的故事呢？作为社会人，还以社会角色角度讲述一下AP-MS后的玩法。有朋友会说，直接我诱饵拉到蛋白，诶，讲个A-B的相互作用就好啦。其实AP-MS后的数据，还可以这样玩。通常k8com官网会看到很多高分的SCI在说三者之间的互作对吧，他们的运气怎么那么好[3]？即便在宏观社会中，人们也更愿意听到三角关系这样类似的剧情，更何况评审也是人。关键的问题来了，他们如何发现，挖掘这些三角关系的呢？小朱的建议是，将质谱鉴定到的蛋白们，集体送到STRING数据库，然后先探探下拉蛋白们之间，有没有本身就有数据支持的“小两口”，人家本来就是以复合物形式起作用的，这时候，再加上你的诱饵，好了，三角关系出来了。这种玩法适合任何大分子之间的作用，比如，RNA pull down（RAP、Chirp等），DNA pull down，Coip-MS，都可以这么玩。而后则需要结合分子间的表达调控、共表达关系，以及诱饵基因干预后对“小两口”的作用。看看他们之间是“张青-孙二娘-武松”协调做事的关系，还是“武大-西门-潘金”的竞争结合套路。

更多的，如果想解锁更为动人的剧情，比如“李天王-三太子-老鼠精”的拜兄拜父，或者“生儿子不抚养”的牛魔王这些临时副本，亦或微观宫斗大片，就需要分析一下研究互作的新神器——“邻近标记技术”，顺利获得保留弱互作以及时空的瞬时互作，探索大量潜在未知的互作景观。很好理解，如果k8com官网把影视剧《西游记》暂停到第三集，是看不到取经团队遭遇白骨精剧情的。但是邻近标记技术解决了这个问题，他们把取经团队核心人物碰见的人物，都用相应的标记酶，如生物素连接酶进行标记，而后顺利获得共价标记的亲和磁珠下拉被标记的蛋白，顺利获得质谱进行鉴定，重现弱互作或瞬时互作景观，讲述引人入胜的故事。

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